Ökad kontroll och säkerhet är två viktiga ledord, framförallt när det gäller företags fakturahanteringar. Elektronisk fakturahantering är på flera sätt ett säkrare alternativ än den manuella hanteringen. Genom att flertalet företag övergår från manuell hantering till elektronisk fakturahantering bidrar det till att företag får en allt större kontroll, samt säkrare hantering av företagets in-och utgående fakturor.
En grundläggande orsak till att kontrollen samt säkerheten ökar vid en elektronisk fakturahantering är att fakturorna inte längre hanteras och matas manuellt av en enskild individ. Vid varje enskild och manuell hantering kan en faktura lätt försvinna, hamna fel eller siffror matas in inkorrekt under själva processen. Dessa felsteg kan sedan vara svåra att upptäcka i tid. I och med detta minskar dessa felsteg samt misstag i större utsträckning vid elektronisk hantering av fakturor. Således bidrar det även till att de inblandade parterna, företag och leverantörer, har en större och heltäckande kontroll över förloppet. Papper kan sorteras fel i pärmar och utrymmen, medan e-fakturor finns samlade på ett tillgängligt och effektivt sätt.
En annan aspekt som är viktig att notera i säkerhetssynpunkt är hanteringen av bedrägerier och bluffakturor. Bedrägerier och bluffakturor är något som framförallt de mindre företagen utsätts för i större utsträckning. Genom att företag använder sig av ett datasystem som kan hantera fakturor elektroniskt, kan dessa bedrägerier därmed minskas. Detta då dessa system läser av varje enskild faktura. Företag kan dock också i samband med detta använda sig av Svensk Handels varningslista, där de varnar om falska företag och bluffakturor som finns listade. Således bidrar det i sin tur till att färre bluffakturor kan gå igenom detta system, något som skulle kunna förbises eller högt sannolikt missas vid en manuell hantering vid fakturahantering. Avslutningsvis, den elektroniska fakturahanteringen bidrar därmed till en säkrare och mer kontrollerbar hantering av de enskilda företagens hantering av fakturor.